Ministeriet sade fem medlemmar av flickans familj som bodde i staden Besançon hade deporterats till Sarajevo, huvudstaden i Bosnien och Hercegovina, i lördags morse.
”Denna utvisning från det franska territoriet är en följd av oacceptabelt beteende från familjens sida i augusti, särskilt misshandeln och tvångsklippningen av en ung flicka som var kär i en ung serbisk man av en annan religion”, uppgav ministeriet.
Den tillade att flickan, en minderårig, kommer att tas om hand av den franska socialtjänsten och kommer att få uppehållstillstånd i Frankrike när hon blir myndig.
Franska medier rapporterade i augusti att en 17-årig bosnisk muslimsk kvinna i Besançon hade blivit misshandlad av sin familj och att hennes hår hade klippts bort eftersom hon ville gifta sig med en kristen 20-årig serb.
Bosniska och serbiska styrkor utkämpade ett krig på 1990-talet som resulterade i tusentals civila dödsoffer.